ＵＳＡレイルパス利用者で、なおかつネットで予約を行った場合は、この乗車券発券時に、予約の際に支払ったお金の返金作業をしてもらいます。と言っても、特に何をするわけでもなく、受付の人がちゃっちゃと端末を操作するだけです。
ここで何が行われるかというと、私達がネットで行った予約をいったんキャンセルし（この時点でクレジットのマイナス請求が起きるわけです）、再度その場で新しい予約を入れてから、乗車券を発券が発券されるのです。

１９９８年に利用したとき、最初の受付の人はちゃんと「上記のような作業をするから予約番号が変わるよ」と説明してくれたのですが、次の人は何もなし。不安に思って聞いてみると、その辺の仕組みについて良く分からない状態。結局、他の人が代わりに処理をしてくれました。
一方、最近乗車された方の話によると、「特に何も言われなかったが、きちんと処理されていた」との事。

近年日本人利用者が増加し、更にネットでの予約も増え、こういうケースの対処法が広まったのかもしれませんが、ここは念のため、確認しておいた方が無難だと思います。
「～だろう」ではなく、「～かもしれない」という態度で臨のが、トラブル防御手段だと思います。